《变形金刚新纪元》暗黑要塞玩法分为暗黑关卡与能量要塞两部分：多层副本胜利可拿奖励并继续挑战，失败或退出会消耗信号干扰器，能量要塞有4座建筑，需要符合条件角色进入，不耗道具但有每日层数限制。

　　1.暗黑要塞玩法包括暗黑要塞和能量要塞两个部分。

　　2.暗黑要塞有多层副本，每层有不同的敌人守卫。

　　3.挑战失败(包含退出与重新挑战)时，将消耗1个信号干扰器，战斗胜利时，不消耗信号干扰器。

　　4.信号干扰器每日6点自动补充，不足10个的将补充至10个。

　　5.每层战斗胜利后可获得丰富的通关奖励，并前往挑战下一层敌人。

　　6.能量要塞有4座不同的建筑，每个建筑都有特殊的能量场，只有符合条件的我方角色才能进入。

　　7.能量要塞没有层数上限，根据游戏进度定期开放一定数量。

　　8.不同类型的能量要塞开放时间不同，只有开放时才能进行挑战。

　　9.挑战能量要塞不消耗任何道具，但每个能量要塞每天有一定的通关层数限制。